Был один печальный опыт установки никсов, правда не на предприятии а в общеобразовательной школе. Не у нас в городе, где не помню, читал где-то в инете. Так преподавателя уволили за это.
Вобще, я считаю, что все зависит от опыта и продвинутости как системного администратора, так и непосредственно руководства. Из плюсов можно выделить значительное снижение расходов на приобретение программного обеспечения.
Однако, с другой стороны, при возникновении неразрешимой ситуации, либо неустранимой ошибки обратиться за помощью будет не к кому, сисадмин должен рассчитывать только на свои силы. Если же организация заключает договор на приобретение и обслуживание платного win-based программного обеспечения - то всегда можно рассчитывать на квалифицированную помощь обслуживающей организации-поставщика. А это опять немалые затраты.
Вывод: системный администратор должен решить для себя, потянет ли его команда и он сам обслуживание никсов. И если ответ будет положительным, убедить руководство будет проще простого, мотивировав свои предложения финансовыми выгодами.